第八条 “211工程”专项资金预算是项目学校综合预算的组成部分，应纳入学校总体预算，实现收支平衡。
第九条 项目学校根据国家发展和改革委员会关于“211工程”建设项目可行性研究报告的批复，并按照中央专项资金年度安排计划，分资金来源分别编制“211工程”项目年度预算。
中央部门所属学校“211工程”项目年度预算，报经主管部门审核汇总后，由主管部门分别报送国家发展和改革委员会、财政部，同时抄报“211工程”部际协调小组办公室。
地方政府所属学校“211工程”项目年度预算经省级教育、财政、计划（或发展和改革）部门审核汇总后，联衔分别报送国家发展和改革委员会、财政部，同时抄报“211工程”部际协调小组办公室。
国家发展和改革委员会、财政部对报送的项目年度预算进行审核后，分别下达中央预算内投资计划和中央财政专项资金预算；涉及地方政府配套资金的项目，由项目学校按规定向地方申请，由地方审核后下达资金预算。
第十条 项目学校上报项目年度预算时需附必要的文字说明。文字说明的内容一般包括：项目名称、预期目标、具体实施计划、招投标情况、具体保障措施、资金预算安排建议等内容。
第十一条 “211工程”专项资金项目年度预算一经审定下达，必须严格执行，一般不予调整。
第十二条 “211工程”中央专项资金年度计划应确保按期完成，如遇特殊情况，对未完成部分，可结转下年继续使用，不得挪作他用。
第三章 支出管理
第十三条 “211工程”中央专项资金主要用于重点学科项目和公共服务体系项目的建设。有关部门和地方政府的专项资金，在优先保证重点学科和公共服务体系项目建设需要的基础上，主要用于师资队伍和与重点学科建设密切相关的基础设施建设。
第十四条 “211工程”专项资金支出分为基建项目支出和其他项目支出两大类。
第十五条 基建项目支出按照现行有关基本建设投资管理办法进行管理。
第十六条 其他项目支出包括项目业务费和工程管理费。
项目业务费是指项目学校在项目实施过程中发生的人工费、业务费、设备购置费、修缮费和其他费用。设备购置资、修缮费 （限额以上的修缮工程）以经过招投标后签订的正式采购合同或协议为依据列支。其他业务费用的开支按国家有关规定执行。
工程管理费是指“211工程”部际协调小组办公室在实施工程管理过程中所必需开支的经费，其管理办法另行制定。
第十七条 “211工程”专项资金不得用于各种罚款、还贷、捐赠赞助、对外投资以及与“211工程”项目无关的其他支出。
第四章 决算管理
按现行预算管理体制要求，中央部门所属学校项目决算经主管部门汇总后报送财政部，由财政部负责批复；地方所属学校项目决算由省级教育厅（局）汇总后报送省级财政厅（局），由省级财政厅（局）负责批复。另外，中央部门所属学校中凡涉及地方政府专项资金的，项目学校还需将地方政府专项资金安排的项目决算报有关省级财政厅（局），由相关省级财政厅（局）负责批复。
第十九条 项目学校上报决算及资金总支出情况时应附必要的文字说明。文字说明的内容一般包括：专项资金预算执行情况、资金使用效果、资金管理情况、存在问题和建议等。
第二十一条 项目学校应保证按规定用途使用资金，并建立资金管理责任制，由专人审批各项支出。项目学校的财务主管人员应对所管理资金使用的合法性、合理性和有效性实施全面监督，国家有关部门也将组织相应检查。
第二十二条 “211工程”项目执行过程中，因各种不可抗力造成的损失，100万元以下的，须逐级上报上一级单位审批核销；100万元以上的须报“211工程”部际协调小组联合审批核销。对由于主观原因造成损失的，应追究有关单位和人员责任。
第二十四条 项目学校应按本办法的规定结合实际情况制定具体管理办法。
第二十五条 本办法由财政部、国家发展和改革委员会、教育部负责解释和修订。